L’Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso comprend une école et quatre instituts placés chacun sous la responsabilité d’un directeur assisté d’un directeur adjoint. L’école et les instituts sont des établissements d’enseignement et de recherche ayant en leur sein plusieurs départements ouvrant sur des spécialités diverses.

Ecole Supérieure d’Informatique (ESI)
Institut Universitaire de Technologie (IUT)
Institut du Développement Rural (IDR)
Institut des Sciences de la Nature et de la Vie (ISNV)
Institut des Sciences Exactes et Appliquées (ISEA)
Institut Supérieur des Sciences de la Santé (INSSA)

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